Cơ quan trực thuộc

• Văn phòng

Chánh Văn phòng

Phó chánh văn phòng

• Thanh tra

Chánh thanh tra:

Phó chánh thanh tra:

• Phòng Tài chính
• Phòng Khoa học Quân sự
• Phòng Thông tin Khoa học Quân sự
• Phòng Điều tra Hình sự
• Bộ Tham mưu

Tham mưu trưởng:

Phó tham mưu trưởng (Bí thư Đảng ủy BTM):

Phó tham mưu trưởng tác chiến:

Phó tham mưu trưởng huấn luyện:

• Cục Chính trị

Cục trưởng (chủ nhiệm Chính trị quân đoàn):

Phó cục trưởng (Bí thư Đảng ủy CCT):

Phó cục trưởng

• Cục Hậu cần- Kỹ Thuật.

Cục trưởng (chủ nhiệm HCKT):

Chính ủy Cục:

Cục phó:

Đơn vị trực thuộc Quân đoàn

• Sư đoàn Bộ binh 308 (Đoàn B08 Đoàn Quân Tiên Phong)[4];
• Sư đoàn Bộ binh 312 (Đoàn B12 Đoàn Chiến Thắng)[5];
• Sư đoàn Bộ binh 390 (Sư đoàn 320B- Đoàn B90 Đoàn Đồng Bằng);
• Sư đoàn Bộ binh 325; (Đoàn Bình Trị Thiên)
• Lữ đoàn Pháo binh 164;
• Lữ đoàn Pháo binh 368 (Đoàn B68)[6]; Đoàn Pháo binh Tất Thắng
• Lữ đoàn Tăng - Thiết giáp 203;
• Lữ đoàn Pháo Phòng không 673;
• Lữ đoàn Phòng không 241 (Đoàn H41)[7]; Đoàn Xung Kích
• Lữ đoàn Công binh 299 (Đoàn H99)[8]; Đoàn Công binh Tân Trào
• Trường Quân sự Quân đoàn 12[9];
• Trường Trung cấp nghề số 14 tại Tam Điệp, Ninh Bình.(đã giải thể)
• Bệnh viện Quân y 5

Đơn vị trực thuộc Cục

• Tiểu đoàn Trinh sát đặc nhiệm 701 (Bộ Tham mưu);
• Tiểu đoàn Trinh sát pháo binh 703 (Bộ Tham mưu);
• Tiểu đoàn Cảnh vệ 702 (Bộ Tham mưu)[10];
• Tiểu đoàn Hóa học 21 (Bộ Tham mưu);
• Tiểu đoàn thông tin 140 ( bộ tham mưu)
• Bảo tàng Binh đoàn Quyết Thắng (Cục Chính trị);
• Tiểu đoàn Vận tải 752 (Cục Hậu cần);
• Kho K54 (Cục Hậu cần);
• Bệnh xá cơ quan (Cục Hậu cần)[11] tại Tam Điệp, Ninh Bình. (
• Tiểu đoàn Kho K256 (Cục Kỹ thuật)[12];
• Tiểu đoàn 879 (Cục Kỹ thuật).